거대 산업 문명이 붕괴하고, 천년의 세월이 지난 후, 지구는 황폐해진 대지와 썩은 바다로 뒤덮혀 있으며 설상가상으로 부해腐海: Buhae라고 불리는 유독한 독기를 내뿜는 균류의 숲이 확장되면서 인류 제2의 종말을 예고하고 있다. 이제 지구상에 남은 건 독성의 균사를 내뿜는 곰팡이들과 오무과 같이 거대하게 변질된 곤충류들, 그리고 독을 품은 자연과 맞서 바람계곡에서처럼 여기저기 살아가는 극소수의 인간들뿐. 바닷가에서 불어오는 바람과 더불어 자연을 지배하려 들지 않고, 자연과 교감하며 공동체를 이루며 살아가는 나우시카와 마을 사람들은 퍼져가는 부해의 숲에 위협을 느끼면서도 나름대로의 생활을 영위해 나가고 있다.